вторник, 30 декабря 2014 г.

Введение в биоинформатику - опыт онлайн-курсов

Сегодня завершил обучение на онлайн-курсе от Coursera "Введение в биоинформатику" - своего рода развитие курса "Молекулярная биология и  генетика" от Института биоинформатики.

Набрал 100 баллов из 100. Довольный как кот, наевшийся сметаны

Курс очень понравился. На русском языке, что немаловажно. Интересен сам материал - как проводят секвенирование генома, какие тут сложности и пути решения. Сложность материала, на мой взгляд, идеальная для "Введения в специальность" - нет заумных тем и в тоже время нет разжевывания/повторения школьных уроков по биологии. На первой неделе была очень познавательная видеоэкскурсия в лабораторию, где показывали, как это происходит в реале. Начиная с третьей недели в качестве домашнего задания студенты делают проект, довольно близкий к реальной работе. Вот текст вводного задания:
Некоторые штаммы кишечной палочки (Escherichia coli) являются патогенными. Один из таких штаммов, E.coli O104:H4, стал причиной вспышки пищевых отравлений в Европе в 2011м году.
Предлагается провести геномный анализ данного штамма, чтобы выяснить причину патогенности.
Для этого мы соберем бактериальный геном патогенного штамма из исходных данных, проаннотируем его и сравним с референсными штаммами.
Мы будем работать с данными, полученными на секвенаторе Illumina HiSeq 
То есть выдаются "сырые" данные, какие они есть на выходе секвенатора и "за руку" с преподавателями проходим через все этапы обработки данных, выясняя причину патогенности бактерий, безопасных в большинстве случаев. Работа в проекте воспринимается как настоящий квест.

Большой плюс - т.к. большая часть научного софта работает под Линукс, получилось хорошо закрепить знания, полученные на ноябрьских курсах. Более того, одна из программ требовала под свою работу 8 Гб оперативки - пришлось разобраться как можно работать на сервере - потом как нибудь отпишусь про это поподробнее. 

Комментариев нет:

Отправить комментарий